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創業初期，難免會考慮要設立公司還是設立行號，以下根據常考慮的問題，提出與大家分享：
(一)公司設立資本是否有25萬元？<已不適用，目前無最低資本之限制>
(二)是否要申請免用統一發票？
(三)客戶群的範圍？
(四)股東人數？
依目前規定，有限公司及股份有限公司皆已取消最低資本額之限制，但設立最低資本需滿足設立所需之成本且實收資本須經會計師查核簽證。若所準備的營運資本不足，可朝設立行號或企業社方向前進，否則，就須額外籌措資金。
目前仍有少數人認為，資金的部分可請\"會計師\"代為處理！但依公司法第9條規定，資本額不實或任意提出，負責人或相關人員刑責上問題必需多加以留意。
依目前規定，只有行號可申請『免用統一發票』，而所謂小規模的要件有下列幾項，但是否被核准，仍要視國稅局承辦人員如何裁量：
(一)每月營業收入未超過20萬元。
(二)產品單價低。
營業初期，每月營業如何判定是否超過20萬元，仍依國稅局會現場堪察或當地之實際標準以核定。若產品單價過高，例如賣電器產品的，或在鬧品防火巷賣衣服的，因為成交金額大，若想申請免用統一發票也很有可能被駁回。
若是「行號」申請使用發票，在稅務上的規定，其與公司在稅法上規定如下表所示：
公司行號在稅務上的差異，請詳下表：
| 報稅內容 | 公司 | 行號 | ||
| 使用發票 | 使用發票 | 使用收據 | ||
| 營業稅 | 稅率 | 5% | 5% | 1% |
| 徵收 | 依實際情況，按期申報 | 依實際情況，按期申報 | 依核定金額，按季徵收 | |
| 計算 | (銷項稅額-進項稅額) =A A ＞0，則A=應納營業稅 A ＜0，則A=留抵稅額 |
(銷項稅額-進項稅額) =A A ＞0，則A=應納營業稅 A ＜0，則A=留抵稅額 |
核定銷售額*1%=應納營業稅； 進項稅額的10%得另外申請扣抵應納營業稅 |
|
| 暫繳申報 | 每年9月按上年度已納稅額50%申報繳納 | 每年9月以上年度已納稅額50%申報繳納 | 不適用 | |
| 扣繳申報 | 依稅法規定 | 依稅法規定 | 依稅法規定 | |
| 營所稅 | 所得 | 依實際情況 | 依實際情況 | 依核定每月營收*12*6%或 季繳稅額÷1%*4*6% |
| 稅率 | 20% | 20% | 不適用 | |
| 徵收 | 課所得稅*20% | 課所得稅20% | 併入個人綜所稅申報 | |
| 未分配盈餘 | 分配期限 | 隔年6月底前決定分金額 | 當年度納入資本主課稅 | 當年度納入資本主課稅 |
| 加徵稅率 | 5% | 不適用 | 不適用 | |
| 股東可扣抵稅額帳戶 | 已取消 | 不適用 | 不適用 | |
公司與行號所管轄的主管機關不同，因此名稱保護的範圍也不一樣。公司名稱的保護是全國性，行號則謹限於縣市。
同樣以文具店的例子來看，像誠品或新學友等大型書店，在全省都均設有分店，就一定要申請公司，以免名稱重覆問題。相反的，以社區型的文具店，則建議申請行號，開立收據。
以合夥型的行號而言，若愈變更事項或重要決議，均須所有合夥人同意才可執行；相反的，公司組織，則依據公司法規定，依據決議事項內容交付董事會或股東會，決議方法也細分過半數同意，或輕度特別決議跟重度特度決議。因此，若股東結構複雜者，建議以公司型態設立，以避免日後執行的困難度。