財政部臺北市國稅局表示，有關夫妻分居申請分別發單補徵綜合所得稅之稅額計算方式，財政部已重新核釋，改變以往按個人所得總額占夫妻所得總額比例之計算方式，改按個人應納稅額占夫妻應納稅額合計數之比例計算個人應納稅額。

該局說明，依所得稅法第15條規定，納稅義務人之配偶及受扶養親屬有各類所得者，應由納稅義務人合併報繳綜合所得稅。如夫妻因故不能將配偶所得合併申報時，需載明配偶姓名及身分證統一編號，並註明「已分居」字樣，分別向其戶籍所在地稽徵機關辦理結算申報，以利國稅局辦理歸戶合併，如有需補徵稅額者，並可申請分別發單補徵。夫妻分居申請分別發單補徵之稅額計算方式，財政部已於98年9月14日以台財稅字第09804558680號令重新釋示。按新課稅規定，夫妻分居選擇各自申報綜合所得稅者，稽徵機關雖仍會將夫妻雙方的所得合併，計算全戶應納稅額，但夫妻各自負擔之所得稅款，則改按夫妻各自應納稅額占夫妻應納稅額合計數比例分攤計算。

該局舉例，夫妻育有一名就讀大學子女，夫妻分居後各自辦理所得稅申報，妻全年所得55萬元，夫則為112萬元。妻另申報扶養父親（有利息所得9萬元），在學子女亦由妻列報，各自單獨報稅後，妻應自行申報應納稅額為4,260元，夫則為68,800元。合併後夫妻所得共176萬元，合併報稅應納稅額為55,420元。在新的分攤計稅公式下，夫應分攤應納稅額為52,189元【全部應納稅額55,420元×夫應納稅額68,800元/（夫應納稅額68,800元＋妻應納稅額4,260元）】；妻應分攤應納稅額為3,231元【全部應納稅額55,420元×妻應納稅額4,260元/（夫應納稅額68,800元＋妻應納稅額4,260元）】。

該局指出，夫妻分別申報之扶養親屬有重複者，應先分別剔除重複申報之免稅額及扣除額後，再依前述規定分別核算夫妻各別之應納稅額。新規定消除了所得較低一方需承擔所得較高者的高累進稅率，使分居夫妻間之租稅負擔更公平合理。