夫妻分居申請分別發單補徵稅額案件，依財政部76年3月4日台財稅第7519463號函規定，其歸戶合併後全部應納稅額，係按個人所得總額占夫妻所得總額比例計算夫妻各自應分攤之應納稅額，減除其已扣繳及自繳稅款後，分別發單補徵。惟該函因未考慮分居夫妻間個別所得、免稅額及扣除額差異，實務上可能造成低所得之一方實質稅負偏重問題，案經財政部通盤檢討後，乃重新發布解釋令規定夫妻分居申請分別發單補徵稅額之計算方式。

依財政部14日發布之解釋，夫妻分居申請分別發單，其歸戶合併後全部應納稅額（T），准依下列方式計算夫妻各自應分攤之應納稅額（T1、T2），減除夫妻各自已扣繳稅款、可扣抵稅額及自繳稅款後，分別發單補徵：

一、 夫妻分別申報之扶養親屬無重複者，依夫妻各按單身身分分別申報之綜合所得總額（Y1、Y2），依法減除列報之扶養親屬免稅額及扣除額後，分別核算夫之應納稅額（t1）及妻之應納稅額（t2）；夫妻分別申報之扶養親屬有重複者，應先分別剔除重複申報之免稅額及扣除額後，再依前述規定分別核算夫之應納稅額（t1）及妻之應納稅額（t2）。

二、以歸戶合併後全部應納稅額（T），按夫之應納稅額（t1）占夫妻應納稅額合計數（t1+ t2）比例計算夫應分攤之應納稅額T1=T×t1÷(t1+ t2）；妻應分攤之應納稅額T2=T×t2÷(t1+ t2）。

財政部表示，新函之規定使分居夫妻之稅負分攤更趨公平合理，該部76年函釋則自新令發布之日起廢止。