該局進一步說明，前揭條文修正前後主要之差異在於過去獨資、合夥組織之營利事業需先辦理營利事業所得稅結算申報並計算及繳納稅款後，其盈餘總額再歸課資本主或合夥人同年度綜合所得稅，並由資本主或合夥人申報扣抵該盈餘總額所含之稅額。為簡政便民，修法後明定自98年5月29日起，該等營利事業雖仍須辦理營利事業所得稅結算申報，但無須計算及繳納其應納之結算稅額，其營利事業所得額直接歸課資本主或合夥人之綜合所得稅，此一新的徵課方式亦適用於決算及清算申報。

舉例來說，如某一獨資商號於98年5月1日變更負責人，因核屬轉讓性質，依規定應於主管機關核准文書發文日之次日起算45日內辦理決算申報，並於清算結束之日起30日內辦理清算申報，納稅人之決算申報期限雖在新法修正生效日（98年5月29日）之後，但因轉讓日係於新法生效日之前，故仍應適用修正前所得稅法之規定。

國稅局提醒獨資、合夥營利事業於98年5月29日所得稅法修正施行後辦理營利事業所得稅結算、決算及清算申報時，宜特別留意此一法令變革，以維護自身權益。