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財政部北區國稅局表示，依所得稅法第39條第1項規定，以往年度營業之虧損，不得列入本年度計算。但公司組織之營利事業，符合會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證，並如期申報者，得適用盈虧互抵。又所稱「會計帳冊簿據完備」，係指營利事業應依所得稅法第21條規定保持足以正確計算其營利事業所得額之帳簿憑證及會計紀錄為要件，若涉及短漏報所得額情節，原則上不得適用盈虧互抵。
該局舉例說明，Ａ公司係經營國產家用家具零售業，106年度營利事業所得稅結算申報列報全年所得額3,378,000元，並且列報已發生於102年度之虧損3,378,000元予以扣除，最終申報106年度課稅所得額0元，經該局依通報資料查得其102年虧損年度遭查獲銷售家具漏開統一發票，漏報銷貨收入980,000元及漏報所得額980,000元，已不符合所得稅法第39條第1項但書規定，否准自106年度純益額中扣除102年度核定虧損3,378,000元，核定應納稅額574,260元。Ａ公司不服，主張102年度雖有違章事實，但不准盈虧互抵不合常理，仍請准予扣除云云，申經復查及提起訴願均未獲變更，仍有不服，提起行政訴訟，經臺北高等行政法院以國稅局依查得資料認定A公司102年度之發票憑證及收入帳載缺漏不完備且不正確，並未據實申報，且Ａ公司102年度之會計帳證在形式上不完備，並且其短漏報情節非屬輕微，尚無財政部85年10月2日台財稅第851918086號函釋放寬認定(詳如下參考法令)及所得稅法第39條第1項但書規定盈虧互抵等適用，予以駁回確定在案。
該局提醒，營利事業適用盈虧互抵規定，申報扣除前10年核定虧損時，應注意符合所得稅法規定適用要件，以免因不符合規定而遭補稅及加計利息。營利事業如有任何問題，歡迎至該局網站（https：//www.ntbna.gov.tw）查詢相關法令或利用免費服務電話0800-000321洽詢，該局將竭誠提供詳細之諮詢服務。
新聞稿聯絡人：
法務一科 呂審核員
聯絡電話：(03)3396789轉1629
資料來源：北區國稅局
參考法令：財政部85年10月2日台財稅第851918086號函
二、公司組織之營利事業，其虧損年度經稽徵機關查獲短漏之所得額，依當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額不超過新臺幣10萬元，或短漏之所得額占全年核定可供以後年度扣除之虧損金額之比例不超過5%，且非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐者，得視為短漏報情節輕微，免依營利事業所得稅藍色申報書實施辦法第20條第2項規定撤銷其行為年度藍色申報之許可，並免按會計帳冊簿據不完備認定，仍准適用所得稅法第39條有關盈虧互抵之規定；其屬會計師查核簽證者，亦同。三、前開營利事業虧損年度短漏報所得已依稅捐稽徵法第48條之1規定自動補報，且非以詐術或其他不正當方法逃漏稅捐者，其短漏報情節輕微之適用標準，依前項金額或比例加倍計算。