獨資、合夥商號辦理所得稅結算、決算或清算申報時，原本是不須要繳納營利事業所得稅，直接以所得額併課資本主或合夥人之綜合所得稅；為配合財政健全方案的施行，自104年度起我國兩稅合一稅制由完全設算扣抵制度修正為部分設算扣抵制度，因此獨資、合夥商號自104年度起辦理所得稅結（決、清）算申報時，必須要繳納全年應納稅額之半數，再以所得額減除應納稅額半數後之餘額併課資本主、合夥人之綜合所得稅。值得特別注意的是，在今（104）年1月1日後結束營業的獨資、合夥商號辦理決、清算申報時，就必須適用這項新規定。

南區國稅局舉例說明，甲獨資商號於104年4月結束營業，申報104年1月至4月營利事業所得稅決算申報時，假設營利事業所得額1,000萬元，應納稅額是170萬元（1,000萬元＊17％），甲商號必須繳納一半的營利事業所得稅85萬元（170萬元＊50％），再將所得額減除應納稅額半數後之餘額915萬元（1,000萬元－85萬元）列為甲資本主的營利所得，課徵綜合所得稅。

國稅局再次強調，兩稅合一部分設算扣抵制度雖自104年度施行，結算申報部分會是在明（105）年5月辦理104年度所得稅申報時適用，但獨資、合夥商號如在104年1月1日後結束營業，辦理營利事業所得稅決算及清算申報時，就必須適用新規定，籲請獨資、合夥商號注意。

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