財政部核釋，公司組織之營利事業，虧損年度及申報扣除年度之營業成本經稽徵機關依同業利潤標準核定，惟其會計帳冊簿據，經稽徵機關查核認定符合財政部五十二年十一月二十二日台財稅發第八二一０號令有關認定會計帳冊簿據完備之要件者，仍准適用所得稅法第三十九條有關盈虧互抵之規定。

　　依據所得稅法第三十九條但書規定，營利事業符合︵１︶公司組織；︵２︶會計帳冊簿據完備；︵３︶虧損及申報扣除年度均使用藍色申報書或經會計師查核簽證；︵４︶如期申報等四項要件者，得將經稽徵機關核定之前五年內各期虧損，自本年度純益額中扣除，再行核課。另依財政部六十七年四月十二日台財稅第三二三八三號函有關﹁營利事業之毛利既．．．依同業毛利率標準予以核算，其存貨紀錄既已不夠完備，即與會計帳冊簿據完備之要件不符﹂之規定，營利事業虧損及申報扣除年度之營業成本︵營業收入減營業成本等於營業毛利︶經稽徵機關依同業利潤標準核定者，即不得適用盈虧互抵之規定。

   惟財政部認為，營利事業之營業成本依同業利潤標準核定之原因很多，除會計帳冊簿據不完備外，其委託之簽證會計師為避免稽徵機關查核營業成本時有所爭議，自行帳外調整按同業利潤標準申報其全部或部分營業成本，或營利事業於稽徵機關查核時同意全部或部分營業成本依同業利潤標準核定，亦為原因之一，如逕以會計帳冊簿據不完備認定，恐與營利事業之實情不符，故核釋營利事業之營業成本經稽徵機關依同業利潤標準核定之案件，如經稽徵機關依營利事業實際帳證情形，查核認定符合首揭五十二年令釋有關認定會計帳冊簿據完備之要件者，亦即已依所得稅法第三章第二節、商業會計法及財政部對帳簿憑證有關解釋令設置帳簿，並依法取得憑證者，仍准依所得稅法第三十九條規定適用盈虧互抵；同時並將上開財政部六十七年函明令停止適用。