財政部臺北國稅局表示，依據稅捐稽徵機關管理營利事業會計帳簿憑證辦法第27條規定，營利事業之憑證保存，應自會計年度決算程序辦結終了後，至少保存5年。
該局受理檢舉甲公司於96年1月至97年12月間，涉嫌銷售貨物未依規定開立統一發票，涉及逃漏營業稅及營利事業所得稅，經通知該公司提示案關期間之帳簿憑證供查核，惟該公司未能提供，該局遂依法審理核定甲公司未依規定保存96年1月至97年12月之進、銷項憑證金額合計18,000,000元，並按該公司未依規定保存憑證金額18,000,000元處5%罰鍰900,000元，該罰鍰裁處書於101年7月25日送達甲公司。甲公司不服，主張該罰鍰裁處書於101年7月25日始送達，其核課期間應自該處分書送達後即101年7月25日起追溯5年，亦即僅自96年7月26日至97年12月31日間未提示之進、銷憑證方在行為罰處罰範圍內，96年7月25日以前未提示之進、銷憑證已超過5年之法定保存期間應不得處罰為由，申請復查，惟遭決定駁回，該公司不服，循序提起訴願、行政訴訟，亦均遭駁回。
該局說明，依據稅捐稽徵機關管理營利事業會計帳簿憑證辦法第27條第1項規定，營利事業之各項會計憑證，除應永久保存或有關未結會計事項者外，應於會計年度決算程序辦理終了後，至少保存5年。由於稅法並未明確定義何謂「會計年度決算程序辦理終了」，使得一般民眾雖然知道憑證要保存5年，卻並不清楚5年的起算時點，偶有營利事業因停業、搬遷或倉儲不足等原因，未依規定保存憑證，導致受罰之情形發生。
該局指出，進、銷項憑證係營利事業處理帳務及申報營業稅及營利事業所得稅等之依據，而保存憑證之目的即在於確保「稅捐報繳完畢後，因新事證發現而重啓查核」之機制，由於現行所得稅法規定營利事業應於每年5月1日起至5月31日止辦理營利事業所得稅結算申報，因此，憑證5年保存年限之起算點，並非限於憑證之取得日或給與日，而應延伸至辦理營利事業所得稅結算申報日後。舉本件為例，甲公司係於97年5月31日申報96年度營利事業所得稅，因此，其96年1月至7月間進、銷憑證之保存期限，均應自97年6月1日開始計算5年，至102年5月31為止，是該局核定甲公司96年1月至97年12月間，未依規定保存憑證之罰鍰裁處書已於101年7月25日送達甲公司，並未逾越罰鍰裁罰時效，原處分並無違法。
該局呼籲營業人應注意進、銷憑證之保存規定，避免違反法令遭受處罰。
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