行政院函請立法院審議之「所得稅法」部分條文修正草案，業經立法院財政委員會98年4月2日第10次全體委員會議審查完竣，其修正重點如下：

1、將營利事業所得稅稅率由25%調降為20%，採行單一稅率，並將起徵額由5萬元提高至12萬元，以適度減輕營利事業租稅負擔，並提升我國投資環境之國際競爭力。
2、綜合所得稅稅率「21%、13%、6%」3個級距稅率分別調降為「20%、12%、5%」，並將適用稅率5%之課稅級距由41萬元提高為50萬元，以適度減輕中低所得及薪資所得者租稅負擔，增進社會公平。
3、上開修正規定，配合促進產業升級條例租稅減免至98年底落日，明定自99年度起施行，俾使稅制改革順利銜接。
4、合理調降綜合所得稅之課稅級距金額按消費者物價指數上漲程度調整門檻，由現行之10%調降為3%，俾能及時反映物價上漲程度，合理降低綜合所得稅之負擔。
5、簡化營利事業所得稅暫繳申報制度。
6、簡化獨資合夥組織之營利事業所得稅申報及其盈餘歸課稽徵程序。
7、簡化資產評價報備程序及縮短財務會計與稅務法令之差異。
8、檢討修正不合時宜之處罰規定。

行政院院會昨天通過「所得稅法部分條文修正草案」，雖釋出多項減稅利多，但馬總統的競選政見跳票卻多一筆。馬競選時主張取消營所稅保留盈餘加徵十％的稅課，但這次修法仍維持保留盈餘加徵十％營所稅的規定，未兌現馬的競選政見。

政院通過 營所稅調降為20％ 修正草案重點，以綜合所得稅率的三個級距稅率調降影響層面較大，將現行綜所稅二十一％以下的三個級距稅率各調降一％，從廿一％、十三％及六％，調降為廿％、十二％及五％。這項新制預計明年實施，後年報稅適用，將讓三百八十萬戶的納稅義務人受惠。

在營所稅調降部分，馬英九競選政見主張將營所稅率調降至廿％，並取消保留盈餘加徵十％的稅課，這次修法僅兌現將營利事業所得稅率由廿五％調降為廿％，另採行單一稅率，起徵額由五萬元提高至十二萬元；而「取消營所稅保留盈餘加徵十％」的政見已跳票。-

財政部次長張盛和解釋，未取消營所稅保留盈餘加徵十％的規定，一是考量租稅負擔，若取消這項規定，稅收損失達三百億元，以扣抵率三分之一來算，中低所得者會增加租稅負擔一百億元，政府則增加二百億元負擔。 預計明年實施 後年報稅適用 。

張盛和指出，營所稅率未來將調降至廿％，和個人綜所稅率最高級距四十％相較，差距達廿％，營利事業保留盈餘不分配的誘因更強，造成分配與保留的扭曲效果，營利事業也可能藉由拉抬股價，將應分配的股利或營利所得變成證券交易所得，規避租稅，所以才決定不取消這項規定。 這次修法主要配合今年底施行期滿的促產條例租稅減免措施。促產條例租稅減免落日，增加稅收一四八三億元，但保留研究發展、人才培訓、營運總部、國際物流配銷中心四項功能別租稅獎勵措施，將減少稅收三百億元，調降營所稅率約減少稅收八○八億元、調降綜所稅率約減少一七○億元、調整綜所稅各項扣除額約減少二一六億元，最後合計共減少十一億元稅收。