財政部臺北市國稅局表示，營利事業出售外國政府或公司發行之有價證券(或境外基金)之收益，應與其國內營利事業所得併計營利事業所得額課稅，不適用所得稅法第4條之1有關證券交易所得停徵所得稅法規定。

該局舉例說明，甲公司98年度營利事業所得稅結算申報案，申報自國內銀行受託贖回之投資基金處分所得新臺幣(下同)3千2百餘萬元，甲公司主張該基金係在我國境內代理募集及銷售，屬證券交易法所稱經主管機關核定之其他有價證券，應有所得稅法第4條之1證券交易所得停徵所得稅之適用。經該局查核發現，該基金之註冊地為盧森堡，故屬在境外發行之基金，營利事業贖回境外基金之交易所得非屬中華民國來源所得，尚無所得稅法第4條之1停止課徵所得稅規定之適用，而甲公司為總機構在中華民國境內之營利事業，應就其境內及境外之所得申報納稅，因此核定補徵營利事業所得稅8百餘萬元，並處以罰鍰。

該局指出，共同基金因註冊地區不同，分為境內基金及境外基金，所謂境內基金，係在國內發行並註冊之基金，依現行所得稅法規定，處分境內基金所發生的利得，屬於證券交易所得，於證券交易所得稅停徵期間，免徵所得稅；而境外基金，係指登記註冊於我國以外之地區，由國外基金公司發行，經我國政府核准後在國內銷售之基金，目前我國稅法對營利事業境外投資所得並無免稅優惠。營利事業如對其持有之基金投資，無法區辨其是否為境內(外)基金，可逕洽基金申購單位或逕自上網查詢臺灣集中保管結算所建置之境外基金資訊觀測站(網址：http://announce.fundclear.com.tw/MOPSFundWeb/)之公開資訊，以避免申報錯誤。