財政部臺北市國稅局表示，所得稅法第39條有關以往年度虧損扣除之規定，適用對象為公司組織之營利事業，會計帳冊簿據完備，虧損及申報扣除年度均使用所得稅法第77條所稱藍色申報書或經會計師查核簽證，且如期申報者，始能適用。如經稽徵機關查獲涉有短漏報所得額情節重大者，就無法適用該項扣除之規定。

該局指出，甲公司97年度營利事業所得稅結算申報案，原申報以92年度營利事業所得稅核定虧損新臺幣(下同)700餘萬元自97年度純益額中扣除。經該局深入查核發現，甲公司經查獲於92年間涉嫌銷售貨物未開立統一發票致漏報營業收入1,000餘萬元，並短漏報所得額50餘萬元。因其漏報所得額依當年度適用之營利事業所得稅稅率計算之金額已超過10萬元，且短漏報之所得額占全年核定可供以後年度扣除之虧損金額之比例亦達5﹪，短漏報情節重大，致92年度核定之虧損700餘萬元，已無法依所得稅法第39條規定供以後年度扣除，而應予以全數補稅。

該局呼籲，政府為減輕營利事業之稅負，已修法將盈虧互抵年限延長至10年，營利事業如符合前揭適用要件，若還有92年度未扣除完之核定虧損，即可延長扣抵至102年底，但仍須符合相關要件，始能適用虧損扣除之規定。