財政部表示，營業人自國外進口貨物並經海關代徵營業稅，嗣經國外供應商給予進貨折讓，未按更正進口報單程序處理，致上開貨物進口時由海關代徵之營業稅額大於其銷項稅額者，其溢付稅額准依加值型及非加值型營業稅法第39條第2項但書規定核實退還。又為簡化手續，嗣後此類案件授權主管稽徵機關查明辦理，毋須逐案報經該部核准。

財政部指出，臺灣電子零件代理商因行業特性，常有「高價進口、低價銷售」之狀況，亦即代理商以較高價格報關進口貨物由海關代徵營業稅，並依國外供應商所核定之較低價格銷售後，供應商再給予「進貨折讓」以抵減應付帳款，使貨物進口報單之完稅價格（原進貨價格）與其實際支付之進貨價格並不相符，且原進貨價格大於銷售價格。

該部進一步表示，代理商取得進貨折讓部分，如經核准按更正進口報單程序處理者，海關可退還其溢繳之營業稅，尚不致產生溢付稅額；如未按更正進口報單程序處理者，海關並不退還原代徵之營業稅款，將造成代理商每筆進口貨物由海關代徵之營業稅額皆大於其銷項稅額，如營業人在我國境內無其他銷售貨物或勞務之銷售額，此溢付稅額將無從留抵應納之營業稅額。

鑒於營業人此類交易產生之溢付稅額，與在正常情形產生之溢付稅額尚有不同，故該部於近日發布解釋令，對於營業人因上開交易模式所產生之溢付營業稅額，准予依照加值型及非加值型營業稅法第39條第2項但書規定核實退還，以免造成營業人資金積壓困擾。又實務上該種交易係為常態性，為簡化行政手續，並縮短退稅時程，以維護營業人權益，嗣後類同案件，授權主管稽徵機關查明核實退還，毋須逐案報部核准。

解釋函釋內容請詳：財政部98.3.18台財稅字第09800052190號